根據世界衛生組織（World Health Organization, WHO）的定義，如果攝取足夠分量的活微生物能夠有益宿主的健康，這活微生物便是益生菌（live microorganisms which when administered in adequate amounts confer a health benefit on the host）
人體中存在大量微生物組群（microbiota），當中大部份存活在腸道裡，其餘分佈在口腔、呼吸道、皮膚、陰道等部位。當中對健康有益的微生物就是益生菌。人體微生態平衡與健康息息相關，尤其腸道微生物的組成會直接影響腸道免疫系統，進而影響整體健康。微生態平衡講求擁有足夠數量的益菌，並抑制體內害菌，維持整體健康。
益生菌在何處找？
第一批益生菌
人體上的第一批益生菌其實不假外求，早在母親懷孕的時候，微生物已經從胎盤傳給胎兒，然後在分娩時，母親的陰道內的益生菌便傳給嬰兒，成為寶寶出生的第一份禮物，有利於寶寶健康成長。反之，剖腹產的嬰兒的腸道微生物組群跟順產的不同，她們得到過敏疾病的風險也比較高，而且腸道微生物組群的結構在大約三歲後大致成形，因此益生菌對嬰兒的健康成長非常重要。
找到益生菌的食品
益生菌在很多食品裡可以找到，尤其是奶類製品豆類製品和經過發酵的食品，例如乳酪（yoghurt）、酪漿（buttermilk）、酸菜（pickles）、泡菜（kimchi）、納豆（natto）、克菲爾（kefir）、德式酸菜（sauerkraut）、味噌（miso）、紅茶菌（kombucha）等等。
益生菌的好處
- 腸道健康
- 控制過敏
- 對抗肥胖
- 精神健康
益生菌能夠有效改善腸道環境和消化系統。益生菌能夠產生多種酶消化食物，並製造人體所需的維生素、葉酸、胺基酸等物質，並協助分解有害物，保持腸道細胞的緊密連接，阻止有害細菌和病毒入侵。
益生菌可以緩和腸胃不適和腹瀉，包括因服食抗生素或由難辨梭菌（Clostridioides difficle）感染引致的腹瀉。益生菌會製造不同抗菌物質，抵禦細菌和病毒入侵。另外，益生菌會調節腸道活動，增加蠕動，改善便秘。另外，益生菌亦有減低發炎的功能，所產生的短鏈脂肪酸（short chain fatty acids, SCFAs），可以降低發炎程度，促進腸道內微生態回復平衡。
益生菌有助調控免疫系統和對抗過敏。大量科學研究佐證益生菌可以應用於與免疫系統和過敏有關的疾病，例如食物過敏等。通過調和免疫反應機制間的平衡，例如調控輔助T細胞中（helper T cells）Th1和Th2的數量和活躍程度，調整不同細胞因數（cytokines）的含量，控制過敏反應。
肥胖和糖尿病是非常常見的慢性疾病，都是因為攝取過多能量，引致中央能量代謝失調的結果。過多糖分會使細胞超出負荷，升高血糖，又會轉化成脂肪，然後引致慢性發炎反應；過多膽固醇會形成難以溶解的斑塊（plaque），積聚在血管壁，引起慢性發炎。益生菌能夠調控腸胃激素的分泌，降低血糖，維持糖和脂肪代謝的體內平衡，並降低膽固醇積聚的風險。此外，益生菌也影響對飽餓信號的控制，達到抑制食欲的效果。
很多研究指出，腸道微生物組群會影響大腦的資訊傳遞和精神健康，例如情緒、壓力、焦慮等現象都跟腸道微生物有關，這就是腸道微生物組群調控腸道跟大腦的聯繫機制、即是腸-腦軸（gut-brain axis）。有研究發現益生菌會產生神經傳導物質（neurotransmitters），包括色胺酸（tryptophan）、γ-胺基丁酸（γ-aminobutyric acid）、血清素（serotonin）、去甲腎上腺素（noradrenaline）等等，有助減輕焦慮和憂鬱症狀，甚至改善自閉症。腸道微生物組群、益生菌、和精神健康三者的關係，已經成為生物醫學研究上一個新領域。
常見益生菌株的功效
乳雙歧桿菌
（Bifidobacterium lactis）
副乾酪乳桿菌
（Lactobacillus paracasei）
植物乳桿菌
(Lactobacillus plantarum)
嗜酸乳桿菌
（Lactobacillus acidophilus）
能夠分泌抗生素相近物質
⾧雙歧桿菌
（Bifidobacterium longum）
鼠李糖乳桿菌
(Lactobacillus rhamnosus)
為腸道黏性強，並且容易在腸道內定 植
乳雙歧桿菌
（Bifidobacterium lactis）
副乾酪乳桿菌
（Lactobacillus paracasei）
植物乳桿菌
(Lactobacillus plantarum)
益生菌？益生元？後生元？
人類和益生菌都是生物，我們以為如果益生菌死掉了，她們的功能便失去，不能發揮作用，一切到此為止，原來並不是，科學家發現死菌也有類似活菌的作用。事實上，益生菌活體的衍生物質，包括死菌、細胞碎片、和代謝產物等物質對人體都是有益的東西，統稱為後生元（postbiotics）。至於我們常聽到的益生元（prebiotics），是益生菌的食物、而宿主不能消化的物質，並對宿主的健康有益，常見的有菊糖（inulin）、半乳糖寡糖（galactooligosaccharides）和果糖寡糖（fructooligosaccharides）。很多益生菌產品，有加入益生元一併使用以增進效能，便成為合生元（synbiotics）。
後生元解構
後生元有很多種類，有從培養液提取的無細胞上清液（supernatants）、細胞發酵產物、破碎細胞後的細胞壁碎片、細胞溶解產物（cell lysates）、胞外囊泡（extracellular vesicles）等等。從化學性質來說，後生元也包括胞外多糖（exopolysaccharides）、磷壁酸（teichoic acid）、肽聚醣（peptidoglycan）、酶（enzymes）、短鏈脂肪酸（short chain fatty acids, SCFAs）、有機酸（organic acids）、細菌素（bacteriocins）、維生素（vitamins）、葉酸（folic acid）、多酚（polyphenols）等等，林林總總。其實很多人體必需的營養、例如維生素B12、維生素K、葉酸等，都是由益生菌合成供應，我們的健康真是有賴她們的貢獻。
既生瑜，何生亮？
既然益生菌那麼有益，有效又安全，為什麼需要後生元？雖然益生菌十分安全，安全劑量很高，但是對於部分長期病患、腸道屏障不健全的人來說，都需要慎用，考慮有感染和過度刺激免疫系統的風險，又不能排除得到對抗生素抗藥性的機會，因此後生元可以避免使用活菌的風險，安全性可能更勝一籌。因為後生元不是活菌，所以可以減少依賴低溫儲存，儲存比較容易，保質期可以更長，運輸也更加方便。後生元應用在健康產業的潛力，是未來的新領域。
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