口腔包含700多種常見的細菌，是僅次於腸道的第二大微生物群。與腸道微生態相似，口腔裡充斥著各類「好菌」及「壞菌」，並會黏附在口腔表面，形成「生物膜」，而壞菌更可產生內毒素，通過牙齦和口腔薄膜進入血液，誘發身體潛在問題。

不少研究發現，口腔微生態或能代替腸道微生態監察個人整體健康。研究指出，導致牙周發炎的口腔壞菌進入腸道後會擾亂腸道菌群，令腸道防線及免疫力受損，從而失去了作為免疫系統防線的功能，影響整體健康。